幽门螺杆菌感染目前常用的是四联疗法，包括抑制胃酸的药，两种抗生素和铋剂。其中抑制胃酸的药包括奥美拉唑、雷贝拉唑等；抗生素包括阿莫西林、克拉霉素、左氧氟沙星、甲硝唑、呋喃唑酮等；铋剂为枸橼酸铋钾。其中奥美拉唑和枸橼酸铋钾是方案中固定不变的，再加两种抗生素。如果有青霉素过敏史，则不能使用阿莫西林，需要在使用阿莫西林之前做青霉素皮试。由于左氧氟沙星和阿莫西林的耐药率较高，对经常使用抗生素的人，呋喃唑酮是比较好的选择。
治疗时要按照医嘱正规用药，停药1个月后再次复查幽门螺杆菌，了解治疗效果，是否已经根除幽门螺杆菌感染。但由于近年来抗生素的耐药率增高，并不是查出幽门螺杆菌阳性就一定需要治疗，它的治疗有一定的适应证，比如存在消化性溃疡、胃癌家族史、胃炎伴糜烂、增生等，需要在正规医院的医师指导下用药。
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