胚胎停止发育的原因非常的多而且很复杂，最主要包括胚胎自身的因素、母体的因素、父亲的因素和环境因素。 胚胎的因素最常见的是染色体的异常。母体因素有因为母亲的全身性的疾病有感染、发烧、重症的糖尿病、肾病都可引起流产。母亲生殖道发育的畸形或者宫腔有黏连、多发性的子宫肌瘤都可以引起胎停育。母亲患有内分泌的疾病，例如有多囊卵巢综合症都可以引起胚胎停止发育。还有免疫功能的异常，例如磷脂综合征、系统性红斑狼疮都导致免疫功能异常引起胚胎停止发育。 还有就是父亲的因素，父亲的精子染色体的异常也可以导致流产。环境因素多见于接触毒物和放射性的物质。综上所有的原因有异常都有可能导致胚胎停止发育。
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