中医治疗幽门螺旋杆菌没有特效药，主要是治疗的思路和西医不同。中医中药可以针对于幽门螺旋杆菌的环境进行改变，使其无法生存，作用相对偏缓慢。可以选择中药方剂，像平胃散、木香顺气丸、香砂六君子汤等等，这些都可以使人体的内环境进行调整，使人体的免疫力增强。同时胃部的菌群环境得到适当的调整，对于抑制幽门螺旋杆菌生长有一定的益处。而现代医学的西药可以通过抗生素直接杀灭幽门螺旋杆菌，但是缺点是会反复的复发。临床上对于胃病幽门螺旋杆菌大量的滋生，最好是中西医结合进行治疗，效果最好。
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