乙肝表面抗原是鉴别是否患有乙型肝炎的重要检查，也可以是唯一的检查。如果阳性就可以判断这个人患有乙型肝炎，如果阴性对绝大部分人群可以除外乙型肝炎的诊断，但是对于极少数的人群也有是乙型肝炎的情况。这种情况就是虽然乙肝表面抗原是阴性，但是乙肝病毒DNA是阳性，叫隐匿性乙型肝炎病毒感染，如果出现了肝功能异常叫隐匿性的乙型肝炎，有的人表面抗原是阴性，查肝穿表示肝脏里边有乙肝病毒，这种情况也叫隐匿性乙型肝炎。因此对于肝功能反复异常的，虽然表面抗原阴性，对于乙肝仍然需要细心检查，包括查乙肝病毒DNA甚至做肝脏穿刺。
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