酵素的副作用和危害包括会引起食物中毒和过敏。
酵素生产过程是自然发酵过程，很容易滋生各种对身体有害的细菌和有害物质。进食后容易引起食物中毒。酵素含有多种营养物质和生物活性物质，其中一些很容易引起人体过敏反应，如皮疹、瘙痒、出汗、恶心、呕吐、腹痛等症状。酵素是发酵后含有较多酵素的食物。它是一种具有生物催化功能的高分子物质，几乎没有明显的副作用，偶见于食物中毒，如腹痛、腹泻和头晕。心悸、视力模糊等甲醇中毒的表现。酵素主要由蔬菜和水果制成，发酵中含有益生菌和许多微生物，这些益生菌和微生物可以促进肠蠕动，帮助身体改善新陈代谢和排毒，提高免疫力等辅助功效。
酵素发酵过程中的程序错误可能会产生杂质和有害微生物，容易导致食物中毒、腹痛和腹泻。此外，在食品发酵过程中会产生少量甲醇。如果不进行脱甲醇过程，可能会出现甲醇中毒，如头晕、心慌、视力模糊等。
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