甲型流感通常起病急，以发热为首发症状，表现为急速发热，数小时内达到38℃以上，一般持续2~3天。可伴有畏寒或寒战，有咽痛、流涕、鼻塞、咳嗽、头痛、全身酸痛、乏力等症状。部分患者还会出现呕吐、腹泻、肌肉痛或疲倦、球结膜出血等。
轻型患者临床症状较轻，仅有轻微的上呼吸道症状，无发热或低热，体征主要包括咽部充血和扁桃体肿大。
重型患者起病急剧，体温快速上升至39℃以上，并持续不退，超过3天，呼吸道症状明显加重，出现心率加快、呼吸急促、口唇发绀、气喘加重，也可出现反应迟钝、嗜睡、躁动等精神神经症状。少数病例病情进展迅速，出现呼吸衰竭、多脏器功能不全或衰竭。
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