褪黑素的副作用尚未完全明确，有可能导致睡眠紊乱、性功能减退或不孕不育、增加脑中风风险。
1.睡眠紊乱：人体的松果体可以分泌褪黑素，能够产生诱导自然睡眠的作用。所以服用褪黑素可以改善人体分泌不足情况，有助于改善睡眠，但是由于个体体质不同，睡眠障碍的病因不同，有部分人群有可能在服用褪黑素后，反而影响了正常的睡眠规律，出现睡眠紊乱的情况。
2.性功能减退或不孕不育：褪黑素能够促进泌乳素的分泌，还可以使体温降低，在一定程度上有可能导致男性的性功能减退，或者是导致女性不孕不育。
3.增加脑中风风险：褪黑素具有较明显的缩血管作用，尤其是在服用的剂量比较大时更为明显。大脑血管收缩幅度过大，影响血液循环和氧气供应时，就会使脑中风的风险增大。
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