细菌、病毒、真菌、立克次体和原虫都是引起院内感染的病原体。在医院感染的病原体里，最常见的是细菌，医院感染的细菌以革兰氏阴性杆菌为主，占60%以上，尤其是肠杆菌科的细菌，像大肠埃希菌、肺炎克雷伯菌、沙门氏菌等。革兰氏阴性菌是逐年上升的，而阳性球菌逐年减少，近年来厌氧菌的院内感染也在逐渐增多。真菌中最常见的是念珠菌属，然后是曲霉、毛霉。病毒中最常见的有疱疹病毒、合胞病毒、肠道病毒和肝炎病毒。
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